โรงเรียนก่อตั้งเมื่อวันที่ ๑ กันยายน พ.ศ. ๒๔๗๖
โรงเรียนนี้เดิมตั้งอยู่ริมคลองซอยที่ ๒ โดยขอยืมบ้านพักของขุนพาทย์ทาลเขต กำนันตำบลบางหวาย ในสมัยหลวงสกนธ์เป็นนายอำเภอ ทางราชการได้ให้เงินมาปลูกสร้างอาคารหลวงสกนธ์ได้ติดต่อกับขุนพาทย์ทาลเเขตกำนันตำบลบางหวายขออาศัยที่ที่อยู่ริมคลองสอง หมู่ ๗ ทำการปลูกสร้าง เมื่อขุนพาทย์ทาลเขต ให้อาศัยก่อสร้างอาคารเรียนนายอำเภอจึงได้ดำเนินการสร้างอาคารเป็นแบบทรงปั้นหยา ๒ ชั้น แฝดออกมุขกลาง ก่อสร้างเสร็จ ให้ชื่อโรงเรียนนี้ว่า “โรงเรียนบางหวาย ๑” ต่อมานายอำเภอได้เปลี่ยนแปลงชื่อตำบล บางหวาย เป็นตำบลคลองสอง จึงให้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนเสียใหม่เป็นโรงเรียน “คลองสอง” จนถึงวันที่ ๑ สิงหาคม ๒๕o๔ ตัวอาคารชำรุด ทรุดโทรม นายขน เสวตสมบูรณ์ คหบดี ในหมู่ ๗ ได้มอบที่ดินจำนวน ๑๕ ไร่ ติดถนนสายคลองหลวง-หนองเสือปลูกสร้างโรงเรียนคลองสอง(เสวตสมบูรณ์อุปถัมภ์)ในที่ดินแปลงปัจจุบัน